Autismus ist auch eine Störung der Wahrnehmungsverarbeitung. Autistische Menschen haben sozusagen Probleme im Wahrnehmungsbereich.
Sie können sehen, hören, tasten, riechen, schmecken wie alle anderen auch. Sie können diese Wahrnehmungen aber kaum zu einem Gesamtbild verarbeiten. Ebenso liegt auch eine Beeinträchtigung der kognitiven Funktionen vor.

Darunter versteht man Schwierigkeiten bei Emotionserkennung, eine Empathieschwäche, Schwierigkeiten bei der Perspektivenübernahme, und eine Verständnisschwäche für soziale Situationen. Auch gibt es Beeinträchtigungen bei den Exekutiven Funktionen. Das sind z. B.: Defizite beim Vorausplanen, Defizite bei der Handlungsplanung und zeitlichen Strukturierung, Einschränkung der Flexibilität oder eine Initiierungsschwäche. Möglich ist auch eine beeinträchtigte zentrale Kohärenz, die sich in Bruchstückhafter Informationsverarbeitung, Detailorientierung, Kontexterfassungsschwäche, oder in Schwierigkeiten, den Sinn und die Bedeutung zu erfassen, zeigen.

Unterschieden wird zwischen dem Frühkindlichem Autismus, auch als Kanner-Syndrom bekannt, dem atypischen Autismus, dem Asperger-Autismus und dem High-Functioning (hochfunktionaler) Autismus, der auch eine Form des Frühkindlichen Autismus ist.